Ακόμη πιο προκλητικό ακούγεται και το γεγονός ότι κάτα την διάρκεια της προσευχής, τα ψηφιδωτά και ο εικόνες θα καλύπτονται για να μη σκανδαλίζονται οι πιστοί. Όπως τόνισε ο μουφτής: «δεν είναι σωστό να τα βλέπουν οι πιστοί και να αποσυντονίζονται».
Η εκκλησία αποτελεί μία ιστορική εκκλησία του Πόντου και η μετατροπή της σε μουσείο έγινε λόγω της ιστορικής αξίας του. Ο Αντνάν Ερτέμ, πρόεδρος της Γενικής Γραμματείας Βακουφίων με δηλώσεις του σημείωσε: «σκοπός μας έιναι να ανοίξει και η Αγία Σοφία της Κωνσταντινούπολης»!
Από τη μεριά του, ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος κατά το παρελθόν του είχε εκφράσει την αντίθεσή του, λέγοντας: «Να το πω ξεκάθαρα. Σεβόμαστε όλα τα τεμένη. Σεβόμαστε τους χώρους προσευχής. Αλλά για την περίπτωση του Μουσείου της Αγίας Σοφίας της Τραπεζούντας δεν βλέπουμε κάποια ανάγκη. Τεμένη υπάρχουν, ας τα γεμίσουν και μετά νε γίνει και το μουσείο της Αγίας Σοφίας τέμενος, Αυτή τη στιγμή δεν υπάρχει τέτοια ανάγκη».