Ξεκινώντας από τον Εθνικό Ελληνορώσων, ο Θοδωρής κατάφερε να πιάσει την κορυφή της Ευρώπης. Κατάφερε να γίνει ίνδαλμα, όχι μόνο εντός του παρκέ, αλλά και εκτός....
Στην εγχώρια καριέρα του, πέρασε από ομάδες όπως οι Αμπελόκηποι, η Δάφνη, ο Πανιώνιος, μέχρι και τον Ολυμπιακό. Παρά το γεγονός πως το 2002 πανηγύρισε το Κύπελλο με τους «ερυθρόλευκους», η διοίκηση αποφάσισε να τον αποδεσμεύσει. Τότε, πολλοί έσπευσαν να πουν πως η καριέρα του είχε τελειώσει. Όχι. Ο Θοδωρής Παπαλουκάς είχε άλλη άποψη, διαψεύδοντάς τους.
Επόμενος σταθμός: ΤΣΣΚΑ
Παρά το γεγονός πως η συνεργασία του με τη ΤΣΣΚΑ δεν έγινε εν μέσω… δαφνών, εκείνος κατάφερε να γίνει ένα από τα βασικά και αναπόσπαστα κομμάτια της ρωσικής ομάδας. Αρχικά με κόουτς τον Ντούσαν Ίβκοβιτς και στη συνέχεια με τον Έτορε Μεσίνα, ο Παπαλουκάς έγινε το σημαντικότερο «εργαλείο» στα χέρια τους, προερχόμενος (συνήθως) από τον πάγκο. Δεν είναι τυχαίο, άλλωστε, πως έφτασε να είναι από τους πλέον ακριβοπληρωμένους παίχτες της Γηραιάς Ηπείρου.
Παράλληλα, το ύψος του (2 μέτρα) έδωσε μια άλλη διάσταση στη θέση του πλέι μέικερ. Δεν ήταν συνηθισμένο να υπάρχει παίκτης σε αυτές τις… διαστάσεις που να επωμίζεται τον συγκεκριμένο ρόλο μέσα στο παρκέ.
Η κορυφή του 2006
Ήταν η καλύτερη χρονιά για τον ίδιο. Από προσωπικές αλλά και ομαδικές διακρίσεις, ο Θοδωρής Παπαλουκάς «σάρωσε» τα πάντα στο διάβα του. Αρχικά, κατάκτησε το Τριπλ Κράουν, με τη ΤΣΣΚΑ.
Το καλοκαίρι που ακολουθεί, στο Μουντομάσκετ του 2006, η Εθνική Ελλάδος, έδωσε… ρέστα στην Ιαπωνία. Ούτε η εθνική ομάδα των ΗΠΑ δεν κατάφερε να περάσει νικηφόρα από τους Έλληνες παίκτες, με τον Θοδωρή Παπαλουκά και τον Δημήτρη Διαμαντίδη, να αποτελούν -και με διαφορά- το καλύτερο δίδυμο γκαρντ, και να οδηγούν την ομάδα στη δεύτερη θέση.
Μάλιστα, λίγους μήνες αργότερα, ο ίδιος ανακηρύσσεται από τη FIBA Europe ως ο καλύτερος παίκτης σε όλη την Ευρώπη!
Το αποτέλεσμα ήταν, εκτός από την καθολική του αναγνώριση στην Ήπειρο, να τραβήξει τα βλέμματα και των ανθρώπων του NBA, αλλά δεν έκανε ποτέ το μεγάλο βήμα.
Ονειρεμένο τέλος
«Ήταν το τέλος που ονειρευόμουν. Εάν είχαμε κερδίσει και την Ευρωλίγκα, θα ήταν τέλεια. Είμαι χαρούμενος γιατί τελειώνω εδώ, στην ομάδα που αγάπησα. Είμαι ευγνώμων. Σίγουρα δεν ήμουν αυτός που είχαν συνηθίσει όλοι πριν, αλλά προσπάθησα για το καλύτερο. Πιστεύω ότι βοήθησα. Τώρα δεν ξέρω τι θα κάνω. Θα χαλαρώσω και θα περάσω περισσότερο χρόνο με την οικογένειά μου» είπε ο ίδιος μετά το τέλος του τελικού ανάμεσα στη ΤΣΣΚΑ και τη Λοκομοτίβ.
Το σχόλιο του προπονητή του, Έτορε Μεσίνα, είναι χαρακτηριστικό: «Έναν από τους κορυφαίους, που λέει αντίο».
Η καριέρα του σε τίτλους
2001/02: Ολυμπιακός – Κύπελλο Ελλάδας
2002/03: ΤΣΣΚΑ – Πρωτάθλημα Ρωσίας
2003/04: ΤΣΣΚΑ – Πρωτάθλημα Ρωσίας
2004/05: ΤΣΣΚΑ – Πρωτάθλημα και Κύπελλο Ρωσίας
2005/06: ΤΣΣΚΑ – Ευρωλίγκα, Πρωτάθλημα και Κύπελλο Ρωσίας
2006/07: ΤΣΣΚΑ – Πρωτάθλημα και Κύπελλο Ρωσίας
2007/08: ΤΣΣΚΑ – Ευρωλίγκα, Πρωτάθλημα Ρωσίας
2008/09: Ολυμπιακός -
2009/10: Ολυμπιακός – Κύπελλο Ελλάδας
2010/11: Ολυμπιακός – Κύπελλο Ελλάδας
2011/12: Μακάμπι – Πρωτάθλημα και Κύπελλο Ισραήλ, Αδριατική Λίγκα
2012/13: ΤΣΣΚΑ – Πρωτάθλημα Ρωσίας, Λίγκα VTB
Οι τίτλοι του με την Εθνική
Χρυσό μετάλλιο στο Ευρωμπάσκετ 2005
Αργυρό μετάλλιο στο Μουντομπάσκετ 2006
Οι σημαντικότερες ατομικές του διακρίσεις
Καλύτερος Ευρωπαίος παίκτης, 2006
MVP της Ευρωλίγκας,2006/07
MVP Final 4 της Ευρωλίγκας, 2005/06
2 φορές μέλος της καλύτερης πεντάδας της Ευρωλίγκας, 2005/06 και 2006/07
2 φορές μέλος της 2ης καλύτερης πεντάδας της Ευρωλίγκας, 2007/08, 2008.09
Μέλος της καλύτερης δεκάδας της Ευρωλίγκα για τη δεκαετία 2000-2010
Μέλος της καλύτερης πεντάδας του Ευρωμπάσκετ 2005
Μέλος της καλύτερης πεντάδας του Μουντομπάσκετ 2006
1ος σε συμμετοχές στην Ευρωλίγκα (252)
1ος σε ασιστ στην Ευρωλίγκα (977)
2ος σε κλεψίματα στην Ευρωλίγκα (335)